Domperidon heeft in de regel milde bijwerkingen. Soms kan onder andere darmkramp ontstaan. In heel zeldzame gevallen (zoals bij mensen met al bestaande hartritmestoornissen) kan domperidon, vooral bij te hoge doseringen of in combinatie met sommige andere geneesmiddelen, hartritmestoornissen veroorzaken. Bij metoclopramide is de kans op bijwerkingen wat groter. Je kunt last krijgen van slaperigheid, verstopping, diarree en in zeldzame gevallen pijnlijke kramp in de kaak of ledematen.

Omdat de effectiviteit van deze antimisselijkheidsmiddelen bij migraine meestal gering is, is het vaak beter om bij volgende aanvallen een ander, sneller werkend aanvalsmiddel te gebruiken. Hiermee worden meestal ook de misselijkheid en braken snel en effectief onderdrukt.